Desde su fundación, a lo largo de cuatro décadas, su misión está orientada a trabajar ininterrumpidamente con las comunidades educativas, autoridades, instituciones y organizaciones sociales vinculadas a educación en los subsistemas de educación regular(inicial, primaria secundaria) y alternativa, desarrollando experiencias innovadoras de transformación curricular en los ámbitos de la intra, interculturalidad, la construcción de la cultura paz, la investigación educativa y la innovación en procesos educativos.

La investigación en sus diferentes modalidades y el uso de los diversos medios de comunicación institucionales, son estrategias de acción que han permitido al CEBIAE agendar problemáticas y demandas de educación en los niveles micro, meso y macro, incidiendo en muchos casos en las políticas de educación en los diversos ámbitos.

La creación de espacios públicos de diálogo, debate y análisis de las problemáticas de educación que preocupan a la colectividad en Bolivia y desde esas reflexiones la construcción de propuestas de políticas para incidir en las colectividades de los ámbitos local, municipal y nacional, es otra de las experticias desarrolladas por el CEBIAE con actores claves involucrados en la educación.